Sách Bắc Ninh toàn tỉnh địa dư chí có ghi: Núi Bổ Đà là ngọn núi bậc nhất của huyện Việt Yên. Bắt đầu từ Thái Nguyên qua Yên Thế mà lại. Nhiều ngọn liên tiếp quây quần, bỗng nổi lên núi Bổ Đà, vừa cao vừa to. Trong đó lại gọi riêng ngọn núi cao nhất là núi Phượng Hoàng. Những ngọn thấp hơn một chút là núi Yên Ngự, núi Kim Quy. Núi có chùa Tam Giáo, có miếu Thạch tướng quân.[1]

Dấu vết vật chất và thư tịch còn lại ở chùa cho biết Chùa có từ thời nhà Lý thế kỷ 11 và được xây dựng lại vào thời Lê Trung hưng, dưới triều vua Lê Dụ Tông (1705-1728).

• Trong cuộc chiến tranh Việt - Tống 1077, quân Tống trú quân ở vùng đồi núi rừng cây Tiên Lát quanh khu vực chùa Bổ. Sau lần tấn công thất bại ở Như Nguyệt, Quách Quỳ quyết định chọn điểm tấn công lần thứ hai là ở xã Tam Đa vì đoạn sông Cầu ở đây nông và hẹp, dễ vượt qua để tiến về Thăng Long. Lý Thường Kiệt đã dự phòng tình huống trên, nên đã đắp phòng tuyến cao và cắm rào tre dày, lập trại ngựa chiến và ém quân trong những nơi rậm rạp. Quân Tống lợi dụng ban đêm từ vùng lòng chảo núi Tiên Lát bí mật tiến ra bờ sông, kết cây làm bè lớn, mỗi bè chở được 500 quân, rồi bất ngờ hạ thủy nhiều bè, ào ạt chở đại quân tiến vào địa phận Thọ Đức - Phấn Động, liều mạng mở đường đột phá. Khi đó quân Lý nhất loạt xông ra, từ trên bờ cao đánh xuống. Quân Tống nguy khốn muốn về không được. Toàn bộ đội quân Tống sang sông bị tan rã, phần lớn bị tiêu diệt, số còn lại phải đầu hàng. Sau trận thất bại này Quách Quỳ mất hẳn khả năng tấn công, phải ra lệnh ai bàn đánh sẽ bị chém[10].
• Năm Quý Mão (1723) niên hiệu Bảo Thái nhà Lê (1720 - 1729) có vị trụ trì tên là Phạm Kim Hưng làm quan giữ sách nhà Lê trong chiều. Do bất mãn với triều đình, ông xin từ quan về quê lập nghiệp. Thời bấy giờ triều đình cho phép người dân theo tín ngưỡng của 3 đạo chính là Thích - Khổng - Lão. Trong cung đình Nhà Lê, cứ một tuần lại có một buổi giảng về các thuyết Tam Đạo. Cũng như chùa Bút Tháp, Bồ Đà chỉ dành riêng cho các bậc vua chúa tu hành. Sau khi từ quan, với những bài giảng về đạo, cụ Phạm Kim Hưng cũng xuống tóc vào chùa Bổ một lòng hướng về cõi Phật.[2] Phạm Kim Hưng tiến hành trùng tu toà chính diện, thiêu hương, tiền đường, dựng cột đá, cột gỗ làm thêm được vài gian, nhưng bia đá chữ mờ không còn gì là dấu vết người xưa.
• Đến niên hiệu Cảnh Hưng nhà Lê (vua Lê Hiển Tông 1740 - 1786) có vị sư tổ họ Ngô (sư tổ Ngô Tính Ánh, Ngô Tuệ Không) quê ở làng Bình Vọng, huyện Thượng Phúc, tỉnh Hà Nội (nay là huyện Thường Tín, thành phố Hà Nội). Ngài từ bỏ vinh hoa phú quý, xuất gia tu đạo, sắc phong là Hảo tiết hoà thượng, tự là Tinh Anh, vân du tới đây ngắm thấy phong cảnh địa linh tịch tĩnh, có thể lập thành nơi kha trường thuyết pháp, bèn cùng với nhân dân xây dựng chùa Tứ Ân và am Tam Đức (lúc này am mới có 3 tháp sư tổ). Lại trùng tu chùa Quán Âm, dùng gỗ lim gạch ngói xây dựng một gian, cử tăng già chùa Tứ Ân chủ trì. Từ đó trở thành nơi tùng lâm sầm uất. Kế truyền đến đời thứ tư là hoà thượng Chiếu Không, trùng tu một ngôi hai gian bằng đá xây vào năm Giáp Ngọ (1834), niên hiệu Minh Mạng (1820 - 1840). Đến niên hiệu Thiệu Trị (1841 – 1847) lại đúc tượng Quan Thế Âm, tiếp tục xây dựng chùa Tứ Ân nhất nhất đều mới. Niên hiệu Tự Đức (1847 – 1883) đệ tử là ngài Phả Thuần lại dựng tiền đường năm gian làm nơi từ tụng. Đến đây, toàn bộ quần thể chùa Bổ đã hoàn thành có tới 100 gian.
• Từ năm 1786 trở đi, trải qua nhiều hòa thượng kế tiếp xây dựng chùa Bổ, các hoà thượng Như Chiếu, Phả Tiến và các Hòa thượng sau này đã nhiều lần trùng tu mở mang xây dựng thêm chùa thành nơi tùng lâm quy mô rộng lớn. Theo Đại đức Thích Tục Vinh, trụ trì chùa hiện nay thì, không phải chỉ có vị sư Phạm Kim Hưng từ quan về đây tu hành mà lần lượt có 18 vị nữa, tổng cộng là có 19 vị. Khi còn làm triều chính thì có người theo đạo Phật, người theo đạo Nho, người theo đạo Lão. Khi đến chùa thì đều theo đạo Phật, nhưng trò nào thì cũng phải thờ thầy (phụ mẫu tại đường, chư phật tại thế), cho nên chùa thờ Tam giáo. Đây là điều đặc biệt mà ít có ở các ngôi chùa khác tại Việt Nam.[11]
• Trải qua những biến động thăng trầm của lịch sử, dù nhiều cuộc chiến tranh đã đi qua nhưng thật may mắn cho chùa Bồ Đà vẫn giữ nguyên được vẻ cổ kính như thuở khai thiên. Trong những năm tháng kháng chiến chống Pháp, Mỹ; chùa Bồ Đà cũng từng là nơi căn cứ địa cách mạng của Quân đội Nhân dân Việt Nam, Đại tướng Võ Nguyên Giáp đã đề nghị nhà chùa chọn Bồ Đà làm nơi đào tao đội quân trinh sát, phục vụ cho sự nghiệp giải phóng miền Nam.
• Ngày 31 tháng 1 năm 1992, chùa Bổ được công nhận là di tích Kiến trúc - Nghệ thuật cấp quốc gia theo Quyết định số 138/QĐ của Bộ Văn hóa, Thông tin và Thể thao do Thứ trưởng Vũ Khắc Liên ký phê duyệt.[12]
• Năm 2007, Bộ Văn hoá - Thông tin đầu tư 17 tỉ đồng đại tu toàn bộ khu di tích.[2]
• Ngày 22 tháng 12 năm 2016, chùa Bổ Đà (cùng 12 di tích khác) được công nhận là Di tích quốc gia đặc biệt (đợt 7) theo Quyết định số 2499/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ do Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam ký phê duyệt.[13]
• Ngày 12 tháng 3 năm 2017 (tức ngày 15 tháng 2 năm Đinh Dậu), nhân dịp lễ hội chùa Bổ Đà xuân Đinh Dậu, UBND tỉnh Bắc Giang long trọng tổ chức lễ đón nhận Bằng xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt này.[14]